В конце ХХ века терроризм стал глобальным явлением. Россия одной из первых столкнулась с ним, понеся значительные человеческие и материальные потери. Возникла реальная угроза территориальной целостности государства. Все это требовало от руководства РФ неотложных и решительных действий по созданию адекватной системы борьбы с терроризмом.
После произошедшего в сентябре 2004 года одного из крупнейших и наиболее циничных терактов в современной истории — захвата школы в городе Беслане (Северная Осетия), жертвами которого стали 342 человека, в том числе 186 детей, президентом России Владимиром Путиным было принято решение кардинально изменить подходы к антитеррористической деятельности.
"Борьба с терроризмом должна стать в полном смысле общенациональным делом, и потому так важно активное участие в ней всех институтов политической системы, всего российского общества", – сказал Путин на расширенном заседании правительства РФ в сентябре 2004 года.
В начале 2006 года Федеральным законом "О противодействии терроризму" и президентским указом "О мерах по противодействию терроризму" было закреплено создание качественно новой, общегосударственной системы противодействия этому опасному явлению.
Работа по противодействию терроризму организована во всех регионах страны, где созданы соответствующие антитеррористические комиссии (АТК), возглавляемые главами субъектов РФ, и оперативные штабы, которые возглавляют начальники территориальных органов безопасности.
Сейчас заканчивается создание соответствующих структур и в первичном звене управления — муниципальных образованиях, что позволит завершить в полном объеме формирование единой вертикали антитеррористической системы от федерального до местного уровня.
Для обеспечения на постоянной основе функционирования НАК и ФОШ, анализа состояния общегосударственной системы противодействия терроризму, подготовки необходимых предложений по ее оптимизации, а также для осуществления контроля и оказания практической и методической помощи антитеррористическим комиссиям и оперативным штабам в регионах России в составе ФСБ создан аппарат Национального антитеррористического комитета.
Таким образом, организационная основа противодействия терроризму представлена в настоящее время в виде двух взаимоувязанных вертикалей, осуществляющих управление антитеррористическими мероприятиями в РФ. Первую из них составляют структуры, координирующие работу органов исполнительной власти по профилактике терроризма, а также минимизации и ликвидации его проявлений: НАК и АТК. Вторую вертикаль — структуры, осуществляющие управление мероприятиями по борьбе с терроризмом: ФОШ и оперативные штабы в регионах.